Die Anzahl der Detergenzien, die in den verschiedenen Bereichen der Biotechnologie eingesetzt werden können, ist immens. Das richtige Detergenz für eine spezielle Anwendung zu finden, kann daher eine schwierige und langwierige Aufgabe sein. Hilfreich ist zunächst ein Überblick über die wissenschaftlichen Veröffentlichungen zu diesem Thema. Ein Detergenz, das bereits erfolgreich für die Isolierung eines ähnlichen Membranproteins, Enzyms oder Rezeptors verwendet wurde, sollte zuerst ausprobiert werden. Andere Detergenzien mit ähnlichen oder leicht abweichenden Eigenschaften können in zusätzlichen Versuchen ausprobiert werden. 

Wenn der Isolierungsprozess einen Dialyseschritt beinhaltet, werden Detergenzien mit einer hohen CMC bevorzugt, da sie weniger stark an Proteine binden als Detergenzien mit niedriger CMC. Für die elektrophoretische Trennung oder Ionenaustauschchromatographie werden nichtionische oder zwitterionische Detergenzien empfohlen. 

Um die biologische Aktivität eines isolierten Membranproteins zu erhalten, kann es notwendig sein, nicht nur verschiedene Detergenzien zu testen, sondern auch jedes Detergenz unter verschiedenen Bedingungen, z. B. Konzentration, pH-Wert, Pufferzusammensetzung usw. Im Allgemeinen sind nichtionische und zwitterionische Detergenzien milder als ionische und besser geeignet, die biologische und enzymatische Aktivität zu erhalten. 

Tabelle: Auswahl wichtiger Anwendungen