Proteine werden meistens mittels Polyacrylamid-Gelelektrophorese getrennt. Da diese Gele nicht gut für die Kapillarblottechnik geeignet sind, werden Western Blots durch Elektrotransfer durchgeführt.
Abhängig von der Blot-Technik (Tank- oder Semi-Dry-Blotting) und den spezifischen Eigenschaften der Proteine, können verschiedende Puffer für den Western Blot verwendet werden.
Für kleine Proteine oder das Tank-Blotting nach der SDS PAGE ist der Towbin-Puffer empfohlen. Für das Blotten von Proteinen nach der SDS PAGE oder IEF durch Semi-Dry-Blotting wird üblicherweise ein diskontinuierliches Puffersystem verwendet.
Eine schnelle und einfach einzusetzende Alternative ist der von SERVA speziell für optimales Semi-Dry-Blotting entwickelte Xpress Blotting Kit. Der SERVA Xpress Blotting-Puffer erlaubt in Kombination mit der neu-entwickelten Alternative für Blottingpapier, dem Blotting Fleece, den effizienten Semi-Dry-Transfer von hoch- und niedermolekularen Proteinen in nur 15 Minuten.
Obwohl Nitrozellulose-Membranen immer noch häufig für Routineapplikationen eingesetzt werden, werden die besten Transferergebnisse von Proteinen mit PVDF-Membranen erzielt.
Der Nachweis von membrangebundenen, mit Meerrettich-Peroxidase (HRP)- oder alkalischer Phosphatase (AP)-markierten Antigenen oder Nukleinsäuresequenzen kann sowohl mit kolorimetrischen Substraten wie TMB oder BCIP/NBT, als auch Chemilumineszenzsubstraten erfolgen.